دانشکده علوم پایه
پایان‌نامه کارشناسی ارشد در رشته ی زیست شناسی (میکروبیولوژی)

بررسی پلی مورفیسم موتیف های EPIYA در ژنCagA ایزوله های هلیکوباکترپیلوری جدا شده از بیماران مبتلا به بیماری های گاسترودئودنال مراجعه کننده به کلینیک های آندوسکوپی کرمانشاه

توسط:

افسانه یاری

استادان راهنما
خانم دکتر طاهره ولدبیگی
آقای دکتر رامین عبیری

بهمن 92

تقدیم به پدر م، مادرم
وهمسرم
فرشتگانی که لحظات ناب باور بودن ، لذت غرور دانستن ،جسارت خواستن،
عظمت رسیدن و تمام تجربه های زیبای زندگیم مدیون حضور آنهاست .

سپاسگزاری
سپاس آفریدگار یکتا که راه زندگیم را روشن قرارداد و کسب علم راطلیعه آغاز راه زندگانیم.
بی شک حضور اساتیدم وراهنمایی هایشان مرا به گام برداشتن در این راه دل گرمترکرد و هر روز دریچه ای از دنیای بی کران علم را به رویم گشود.
بر خود واجب می دانم که زحمات همه این بزرگواران را سپاس گویم و مراتب تقدیر وتشکر خود را ابراز نمایم.
با تشکر از : سرکار خانم دکتر ولدبیگی، جناب آقای دکتر عبیری- جناب آقای دکتر رستم زاد – جناب آقای دکتر احمدی
استاد عالیقدر جناب آقای دکتر رامین عبیری با کمال خرسندی ابراز می دارم که حضور در کنار شما واستفاده از رهنمودهایتان برای من افتخاری است بس بزرگ.
سرکار خانم دکتر ولدبیگی خود را وام دار محبت بی دریغ وراهنمایی های مدبرانه شما می دانم و خداوند را شاکرم که فرصت بهره مندی از محضر شما را برایم میسر ساخت.
سلامت و سعادت و بهروزی همواره قرین لحظه هایتان باد.
با سپاس از زحمات ومشاوره های علمی استاد گرانقدر و بزرگوارجناب آقای دکتر امیر هوشنگ الوندی رهنمودهایشان مرا در این تحقیق بسیار یاری نمودند.
با سپاس فراوان از جناب آقای دکتر بهرامی که زحمت داوری این پایان نامه را به عهده گرفتند .
ضمن تقدیر وتشکر فراوان از رئیس و اساتید محترم دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه که در تمام مدت انجام تحقیق بی دریغ مرا یاری نمودند.در پایان بر خود لازم می دانم که مراتب سپاس وقدرانی خود را از خواهر وبرادرم همچنین دوستانم خانم ها سمیه راشکی ، ژاله محمودی و سمیه جلیلیان ابراز نمایم.

چکیده

مقدمه: هلیکوباکتر پیلوری یک باکتری گرم منفی است، که تقریباً در معده نیمی از جمعیت جهان کلونیزه شده و با گسترش بیماری های گوارشی مانند زخم معده وسرطان معده در ارتباط است. ژن CagA یکی از فاکتورهای بیماری¬زایی هلیکوباکتر پیلوری است که نقش مهمی را در پاتولوژی سرطان دارد. ناحیه΄ 3 ژن CagA شامل موتیف های EPIYA، Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala است. مشخص شده که چهار قطعه موتیف های EPIYA، EPIYA-A, -B, -C یا -Dدر هلیکوباکتر پیلوری با بیماری های گوارشی در ارتباط هستند. هدف از این مطالعه بررسی پلی مورفیسم قطعات EPIYA در بیماران مبتلا به بیماری های گوارشی در کرمانشاه بود.

مطلب مرتبط :   اجتماعى، ، جوّ، روحى

روش ها: از هر بیمار مبتلا به بیماری¬های گاسترودئودنال دو نمونه بیوپسی گرفته شد. بر روی یکی از نمونه¬ها تست اوره¬آز انجام شد ونمونه دیگر بر روی محیط کلمبیا آگار غنی شده با تخم مرغ کشت داده شد. پس از استخراج DNA و انجام PCR با پرایمر¬های اختصاصی حضور ژن CagA مشخص شد. ناحیه انتهایی ژن CagA توالی یابی شده و نوع موتیف های EPIYA تعیین گردیدند.

نتایج: از 50 نمونه مورد بررسی 40 مورد(80%) دارای ژن CagA بوده و فراوانی ژن CagA در گاستریت 74% و 7/85 % ، 80%، 3/83% به ترتیب در زخم معده و زخم دئودنوم، سرطان معده و NUD بود. پروتئین CagA در 5/87% موارد از نوع EPIYA-C و5/7% از نوع EPIYA-CC و 5 % EPIYA-AB بود.

بحث: ساختار ناحیه ΄3 ژن CagA در نمونه های مورد بررسی از نوع غربی بوده و سویه های با چندین قطعه EPIYA-C ممکن است با آسیب های شدید گوارشی در ارتباط باشند.

کلید واژه: هلیکوباکتر پیلوری، CagA ، موتیفهای EPIYA

فهرست

صفحه عنوان
1-مقدمه 1
1-1-معرفی باکتری هلیکوباکتر پیلوری 3
1-2-تاریخچه 3
1-3- طبقه بندی 4
1-4- جایگاه 5
1-5- میکروبیولوژی هلیکوباکتر پیلوری 6
1-5- 1-مورفولوژی 6
1-5-2- ژنوم 6
1-5-3- غشا خارجی 8
1-5-4- ساختار دیواره سلولی 8
1-5-5- ساختار آنتی ژنیک 8
1-5-6- نیازمندی های رشد 10
1-5-7- مقاومت به اسید 10
1-6- متابولیسم و فیزیولوژی 11
1-6-1- متابولیسم نیتروژن 12
1-6-2- متابولیسم فلزی 13
1-6-2-1- نیکل 13
1-6-2-2-متابولیسم آهن 13
1-6-2-3- کبالت 14
1-6-2-4- مس 14
1-7- اپیدمیولوژی هلیکوباکتر پیلوری 14
1-8- مخازن 15
1-9- روش های انتقال 16
1-10- عوامل ویرولانس هلیکو باکتر پیلوری 16
1-10-1- آنزیم اوره آز ونقش آن در بیماریزایی 16
1-10-2-لیپوپلی ساکارید ونقش آن در بیماریزایی 17
1-10-3- سیتوتوکسین واکوئله کننده VacA 19
1-10-4-پروتئین همراه با سیتوتوکسین CagA 21
1-10-4-1-ژن cagA 21
1-10-4-2- اثرات سرطان زایی cagA 22
1-1-11- ساختارهای سطحی هلیکوباکتر پیلوری 24
1-1-11-1-ادهزین ها و پروتئین های غشا خارجی 24
1-11-2- تاژک 26
1-11-3- لیپوپلی ساکارید 27
1-12- سایر آنزیم های هلیکوباکتر پیلوری 27
1-12-1- کاتالاز 27
1-12-2- فسفولیپاز 27
1-12-3- پروتئاز 28
1-12- تظاهرات بالینی 28
1-13-1- NUD) Non Ulcer Dyspepsia ) 28
1-13-2- زخم معده 28
1-13-3- زخم دوازدهه 29
1-13-4- سرطان معده 30
1-14- تشخیص 32
1-14-1-روش سریع اوره آز 32
1-14-2- کشت (culture) .33
1-14-3- بافت شناسی(histology) 33
1-14-4- روش های ملکولی (molecular methods). .34
1-14-5-روش های غیر تهاجمی 25
1-14-5-1- روش تنفسی اوره یا UBT 25
1-14-5-2- روش های بر اساس آنتی بادی 26
1-15- درمان 26
1-16-مقاومت آنتی بیوتیکی باکتری 39
2-1- مروری بر مطالعات پیشین 42
3-1-1 مواد لازم جهت کشت میکروبی 47
3-1-2- وسایل لازم جهت کشت میکروبی 47
3-2 – وسایل ومواد لازم برای آزمایش های مولکولی 47
3-2-1- مواد لازم جهت آزمایش های مولکولی… 47
3-2-2- وسایل لازم جهت آزمایش های مولکولی 48
3-3- مواد وروش کار 48
3-3-1- نوع تحقیق 49
3-3-2- حجم نمونه 49
3-3-3- نمونه برداری 49
3-4-روش های باکتریولوژیک 50
3-4-1- روش تهیه محیط انتقالی BHI 50
3-4-2 -روش تهیه محیط کشت کلمبیا آگار غنی شده با زرده ی تخم مرغ 50
3-4-3- طرز تهیه ی آنتی بیوتیک برای محیط کشت 51
3-4-4-روش تهیه محیط اوره 51
3-4-5-کشت نمونه ها و شرایط انکوباسیون 52
3-4-6- تشخیص کلنی های H. pylori 52
3-4-7- پاساژ در محیط جامد 53
3-5- استخراج DNA 53
3-6- واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR) 54
3-7- روش های تهیه محلولها ی آزمایش های مولکولی 57
3-7-1 -طرز تهیه بافر EDTA-Borate- Tris(TBE) 57
3-8- الکتروفورز ژل و لود کردن نمونه ها 57
3-8-1-وسایل و مواد لازم 57
3-8-2-روش انجام الکتروفورز 58
3-9-روش تجزیه و تحلیل اطلاعات 59
4-1- نتایج مربوط به کشت هلیکوباکتر پیلوری 61
4-2- فراوانی مطلق ونسبی هلیکوباکترپیلوری براساس نتایج کشت و اوره آز 61
4-3- نتایج PCR 64
4-4-بحث 66
4-5- نتیجه گیری 73
4-6- پیشنهادات 73
منابع 74

مطلب مرتبط :   تسخیر، قرآن، آیات، خلافتتحقیق با کلمات کلیدی:تیتر مطلب:

فهرست جدول ها
صفحه عنوان
جدول(3-1):پرایمرهای مورد استفاده وسکانس آنها ………………………………………………………………………………………………………….55
جدول (3-2): فرمولاسیون MASTER MIX برای ژنCagA …………………………………………………………………………………………………………56
جدول(3-3): برنامه PCRژن CagA …………………………………………………………………………………………………………57
جدول (4-1):توزیع فراوانی مطلق ونسبی بیماران به تفکیک جنس و نتیجه کشت …….61
جدول 4-2 توزیع فراوانی مطلق ونسبی هلیکوباکتر پیلوری در افراد مبتلا به بیماری های گاسترودئودنال بر حسب تست اوره آز و کشت…………………………………………..62
جدول 4-3 توزیع فراوانی مطلق ونسبی